La péréquation financière et la compensation des charges de la Confédération atténuent les disparités entre cantons. Elles créent les conditions financières de la pérennité de la structure fédérative de l’Etat (art. 135 de la Constitution fédérale). La péréquation financière de la Confédération est appliquée par l’Administration fédérale des finances conformément au droit en vigueur.

La péréquation financière actuelle poursuit deux buts, conjointement avec la compensation des charges : il s’agit d’une part de réduire les disparités intercantonales en matière d’approvisionnement en biens publics et de charge fiscale, et d’autre part d’améliorer la rentabilité des prestations fournies par l’Etat.

La loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la péréquation financière et la compensation des charges (PFCC) et l’ordonnance du 7 novembre 2007 sur la péréquation financière et la compensation des charges (OPFCC) sont les bases légales principales du nouveau système mis en place. Dotée de cinq instruments, la péréquation financière fédérale agit à deux niveaux : d’une part, au niveau des finances (péréquation financière au sens étroit : péréquation des ressources et compensation des charges), d’autre part au niveau des tâches (péréquation financière au sens large: désenchevêtrement des tâches, nouvelles formes de collaboration entre la Confédération et les cantons, collaboration intercantonale assortie d’une compensation des charges).