Les commissions de branches regroupent les partenaires professionnels de l’école, soit les Services de l’État, les représentants de la Haute École Pédagogique et les Associations d’enseignants et de directeurs. Elles sont présidées par les inspecteur-trice-s de la scolarité obligatoire.

En fonction des dossiers à traiter,  des commissions temporaires sont constituées sur la base de décisions du Chef du DECS ou du CE. Un mandat spécifie les bases légales, les objectifs, le cahier des charges et les modalités de fonctionnement de telles commissions.